功能神经外科是利用手术或特定的刺激方法针对特定的神经根、神经通路或神经元群进行治疗。通过人为的改变其病理过程，重建神经组织的正常功能。

主要治疗疾病：

1. 面肌痉挛、三叉神经痛、舌咽神经痛的显微血管减压手术和无创治疗。

2.睡眠障碍、抑郁症、焦虑症、面瘫等。

3.脑卒中（脑出血和脑梗塞）、脊髓损伤后的综合康复治疗（包括经颅磁刺激、正中神经电刺激、经颅直流电刺激、针灸等）。

4.意识障碍患者（植物人）的综合促醒（可开展脑起搏器的手术治疗，试听综合促醒治疗）。

5.运动障碍病：帕金森病、原发性震颤、肌张力障碍、脑瘫、舞蹈症和抽动秽语综合征等。

6.癫痫病。

7.疼痛:、患肢痛、截肢痛、丘脑痛、胸腔痛、腰背痛等。